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Apr 22, 2024

Startup PCR numérique Enumerix's Ultra

NEW YORK – Enumerix, une nouvelle société de PCR numérique issue d'une équipe de stars de l'industrie de la génomique, est sortie du mode furtif avec une méthode de PCR numérique à faible coût pouvant générer 30 millions de gouttelettes par personne.

NEW YORK – Enumerix, une nouvelle société de PCR numérique issue d'une équipe de stars de l'industrie de la génomique, est sortie du mode furtif avec une méthode de PCR numérique à faible coût capable de générer 30 millions de gouttelettes par réaction, élargissant considérablement la plage dynamique par rapport au courant. les technologies.

Appelée Ultra-dPCR, la société prévoit de lancer d'ici la fin de l'année prochaine un produit commercial basé sur cette méthode, initialement axé sur les marchés de la recherche et des tests prénatals non invasifs.

L'entreprise fait la promotion de sa technologie en tant que séquençage de nouvelle génération et, comme preuve de concept de la large plage dynamique, elle a développé un test NIPT qui détecte un total de 222 loci dans les chromosomes 13, 18 et 21 dans un flux de travail à tube unique.

Enumerix a été fondée en 2019 par Stephen Fodor, Christina Fan et Ari Chaney, un trio qui travaillait auparavant ensemble au sein de la société d'analyse unicellulaire Cellular Research.

L’équipe possède une crédibilité impressionnante dans le domaine de la génomique. Fodor a cofondé Affymetrix en 1992, tandis que Fan est connu comme co-inventeur du NIPT avec Stephen Quake. Chaney, Fodor et Quake ont cofondé Cellular Research en 2011. Cette société a été rachetée en 2015 par Becton Dickinson dans le cadre d'une stratégie génomique plus large pour la recherche unicellulaire, tandis qu'Affymetrix a été rachetée en 2016 pour 1,3 milliard de dollars par Thermo Fisher Scientific.

Aaron Solomon, directeur général d'Enumerix, a déclaré dans une interview que l'équipe "a eu beaucoup de succès à Cellular Research et a décidé que c'était tellement amusant qu'ils voulaient recommencer".

La méthode PCR numérique Enumerix ne nécessite pas de microfluidique, mais utilise plutôt des consommables peu coûteux associés à du matériel de laboratoire standard.

Le générateur de gouttelettes est un dispositif en plastique doté de pores, a expliqué Solomon.

Cette pièce s’insère dans une barrette de tube standard de 200 microlitres. Un échantillon est chargé avec la substance émulsion exclusive d'Enumerix, puis la bandelette de tubes est chargée dans un adaptateur qui lui permet d'être placée dans n'importe quelle centrifugeuse de laboratoire standard.

"Il tourne pendant 20 minutes et la force centrifuge crée une pomme de douche de gouttelettes qui sortent dans les tubes PCR", a-t-il déclaré.

La chimie des émulsions de l'entreprise a été conçue pour déposer les gouttelettes au fond du tube, permettant ainsi un chauffage et un refroidissement plus efficaces dans un cycleur thermique standard. C'est également clair, il est donc simple de réaliser une imagerie 3D du tube à l'aide de l'instrument de scanner Light Sheet exclusif de l'entreprise.

L'augmentation du nombre de partitions peut augmenter la plage dynamique de détection par rapport à d'autres méthodes. Solomon a déclaré que les réactions n'ont aucun volume mort et peuvent être chargées avec quatre fois plus d'échantillons que d'autres technologies, ce qui peut toutes deux augmenter la sensibilité. Cela pourrait être particulièrement important dans la détection de molécules rares, comme pour les applications de biopsie liquide.

Comme décrit dans Analytical Chemistry cette semaine, l'instrument d'imagerie échantillonne 500 images de gouttelettes d'émulsion et les compile pour générer une reconstruction 3D du tube PCR. Un logiciel personnalisé définit ensuite les partitions et compte les gouttelettes fluorescentes.

La feuille de lumière est actuellement configurée pour détecter quatre couleurs, et Solomon a déclaré que l'entreprise pouvait facilement utiliser des méthodes combinatoires pour détecter 12 cibles en un seul test. "Nous pouvons utiliser d'autres astuces pour aller au-delà de cela", a-t-il déclaré.

La durée totale d'exécution est de deux heures pour traiter 48 échantillons, et le flux de travail se prête également à l'automatisation.

Solomon a déclaré que le coût total des consommables par échantillon est inférieur à 10 dollars. Enumerix prévoit de commercialiser les consommables, l'instrument de lecture et le logiciel propriétaire pour imager les tubes, le coût du scanner Light Sheet étant « comparable à celui des autres scanners disponibles sur le marché dans le domaine de la PCR numérique », a déclaré Solomon.

Alors que d'autres instruments fonctionnent sur quatre journaux de plage dynamique, Solomon a déclaré que l'Ultra-dPCR étend cette plage jusqu'à deux journaux. "Cela signifie que nous pouvons fournir une sensibilité supplémentaire et que nous n'avons pas besoin de titrer à la concentration de détection appropriée", a-t-il déclaré.